紅頭潛鴨棲息于富有水生植物的開闊湖泊、水庫、水塘、河灣等各類水域中，越冬時也會出現(xiàn)在水流較緩慢的江河、河口。常成群活動，特別是遷徙季節(jié)和冬季集成大群，也與其它鴨類混群。白天多在開闊的水面游泳，或一動不動地飄浮于水面睡覺，有時也在岸邊休息。性膽怯而機警，善于潛水，通過潛水取食或逃離敵人。危險時也能從水面直接起飛。飛行迅速，但在地面行走較困難。食物主要為水藻、水生植物葉、莖、根和種子，有時也到岸上覓食青草和草籽。春夏季也覓食軟體動物、甲殼類、水生昆蟲、小魚和蝦等動物性食物。覓食多在清晨和黃昏。繁殖期為4月到6月，營巢于水邊蘆葦叢或三棱草叢中地上，每窩產(chǎn)卵6—9枚，一般8枚。雄鳥在雌鳥開始孵卵后即離開，雌鳥獨自孵卵和育雛。

紅頭潛鴨已列入《世界自然保護聯(lián)盟瀕危物種紅色名錄》（IUCN）ver3.1，2004—2012年為無危（LC），2015—2021年為易危（VU），是中國“三有”保護鳥類。